Εκτός ενάλιου αρχαιολογικού χώρου τίθενται οι περιοχές του λιμένα, νέου και παλιού, της Ελαφονήσου, καθώς και του αντίπερα μώλου της Πούντας, σύμφωνα με γνωμοδότηση του Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου, όπως προκύπτει από πληροφορίες του ΑΠΕ – ΜΠΕ>
Όπως ειπώθηκε στο ΚΑΣ, η εξαίρεση των δύο σημείων γίνεται για λόγους δυνατότητας αναβάθμισης των λιμενικών εγκαταστάσεων, ενώ τονίστηκε ότι στις περιοχές αυτές δεν έχουν βρεθεί αρχαία.
Επίσης, σύμφωνα με τη νέα οριοθέτηση, αρχαιολογικός χώρος κηρύσσεται και η παραλία της Πούντας, όπου η πρόσφατη έρευνα έχει φέρει στο φως αρχαίους τάφους και ίχνη λατομείων, που σχετίζονται με τον βυθισμένο προϊστορικό οικισμό του Παυλοπετρίου.
Η γνωμοδότηση «πέρασε» κατά πλειοψηφία, καθώς δύο από τα μέλη του ΚΑΣ, ο καθηγητής αρχιτεκτονικής και αστικού σχεδιασμού του Πανεπιστημίου Πατρών, Γεώργιος Πανέτσος και ο προϊστάμενος του Νομισματικού Μουσείου, Γεώργιος Κακαβάς, θεώρησαν ότι η κήρυξη της θαλάσσιας περιοχής μεταξύ των δύο λιμανιών (Ελαφονήσου και Πούντας) θα πρέπει να είναι ενιαία. Σημειώνεται ότι όλο το νησί της Ελαφονήσου είναι κηρυγμένος αρχαιολογικός χώρος από το 1976.
Μεταξύ Ελαφονήσου και Πούντας βρίσκεται η νησίδα Παυλοπέτρι, που έδωσε το όνομά της στον προϊστορικό οικισμό, η αρχαία ονομασία του οποίου είναι άγνωστη.
Όπως αναφέρει το ΑΠΕ – ΜΠΕ, οι έρευνες στην περιοχή, που συνεχίζονται από την Εφορεία Εναλίων Αρχαιοτήτων και τη Βρετανική Σχολή Αθηνών, έχουν φέρει στο φως σημαντικότατες αρχαιότητες, όπως κατάλοιπα κτιρίων, δρόμων, λακκοειδών και θαλαμωτών τάφων, καθώς και πολλά κινητά ευρήματα (π.χ. πιθάρια, οικιακά εργαλεία, ειδώλια), ενώ από την ανέλκυση και καταγραφή τμημάτων αγγείων έχει διαπιστωθεί ότι η βυθισμένη πολιτεία κατοικήθηκε από την Ύστερη Νεολιθική Περίοδο και καθ’ όλη τη διάρκεια της Εποχής του Χαλκού (5η χιλιετία ως τέλος 2ης χιλιετία π. Χ.).
Επίσης, έχει περισυλλεχθεί κεραμική της γεωμετρικής, κλασσικής, ελληνιστικής και βυζαντινής περιόδου.