Οι συμμετέχουσες ομάδες θα χωριστούν σε δύο γκρουπ, βάσει της τελικής κατάταξης των προκριματικών ομίλων της 2ης φάσης, ως εξής:
1ο γκρουπ δυναμικότητας: ΟΦΗ, ΠΑΟΚ, ΑΕΚ, Ατρόμητος, Ολυμπιακός, Ξάνθη, ΠΑΣ Γιάννινα, Παναθηναϊκός.
2ο γκρουπ δυναμικότητας: Πλατανιάς, Λεβαδειακός, Λαμία, Τρίκαλα, Αστέρας Τρίπολης, Παναιτωλικός, Πανιώνιος, Λάρισα.
Κάθε ομάδα από το πρώτο γκρουπ θα κληρωθεί με μια ομάδα από το δεύτερο γκρουπ. Ομάδες που προκρίθηκαν από τον ίδιο όμιλο, δεν θα αγωνιστούν μεταξύ τους. Γηπεδούχοι στον πρώτο αγώνα θα είναι οι συμμετέχοντες στο δεύτερο γκρουπ δυναμικότητας και οι αγώνες ρεβάνς θα διεξαχθούν στις έδρες των ομάδων του πρώτου γκρουπ δυναμικότητας.
Οι ημερομηνίες του Κυπέλλου
3η φάση
1η αγωνιστική 19-21 Δεκεμβρίου 2017